Kirk, dopo aver salvato la terra da Nero, è ora il capitano della USS Enterprise. Il suo equipaggio è impegnato a impedire una catastrofica eruzione vulcanica nel pianeta Niribu. La missione si dimostra subito complicata e per salvare il suo primo ufficiale Spock, espone la nave alla vista degli abitanti primitivi del pianeta, violando quella che è la direttiva primaria della Flotta Stellare. Tornati sulla terra, Spock, guidato dalla ragione vulcaniana, denuncia l’accaduto.