È 1964 e Padre Flynn insegna nella scuola cattolica della parrocchia di St. Nicholas, nel Bronx.
È un innovatore, cordiale e pronto a sostenere i propri allievi in qualsiasi situazione, anche quelle più disagiate. L’altro volto del collegio è quello della preside, Sorella Aloysius, severa, rigida, intransigente. Il 1964 però, è un anno particolare: è appena morto Kennedy e in America si respira un’aria nuova, così nuova che, per la prima volta, il collegio cattolico di St. Nicholas accoglie un ragazzo di colore, Donald Miller.
Sorella Aloysius lo tratta con diffidenza, sicura che prima o poi la sua ammissione causerà dei problemi, mentre Padre Flynn cerca di integrare al meglio con il ragazzo. Ed è da questa confidenza e complicità tra i due che nasce un terribile sospetto ovvero che, dietro quella strana preferenza, si nasconda qualcosa in più.
Un dubbio con cui Sorella Alousius, interpretata dalla strepitosa e granitica Meryl Streep, dovrà convivere o, almeno, dovrà imparare a farlo.