Don Pietro è latitante in Germania, Gennaro è sopravvissuto e si è ritrovato di nuovo a obbedire anziché a comandare, e Ciro, insieme a Conte e ad altri aspiranti boss, ha dato vita a un'Alleanza per prendere completamente possesso dei territori di Scampia e Secondigliano. Di Marzio, accecato dall'ambizione, si ritrova a uccidere sua moglie Deborah per evitare che questa vada a parlare con le forze dell'ordine. In questa stagione entra in scena Scianèl, la "iena" di Secondigliano, la sorella di Zecchinetta, che ovviamente odia la famiglia Savastano. In Germania, Don Pietro prepara il suo rientro a Napoli. Nel frattempo, Genny comincia a muoversi autonomamente, e si mette a fare affari con Don Giuseppe Avitabile, un boss che si è trasferito nel Lazio, tra Latina e Roma. Lì, Gennaro rivede Azzurra, la figlia di Avitabile. I due cominciano a frequentarsi, e, alla fine, si sposano, anche perché lei è incinta. Al giovane Savastano, però, già sta stretto l'ingombrante padre biologico, così, per non avere anche un padre "di legge" altrettanto ingombrante, incastra il suocero e lo fa imprigionare, prendendosi così tutti i suoi affari. Avitabile non la prende bene. Tornato a Napoli, Don Pietro, che vive da latitante in un anonimo appartamento di una coppia di anziani, comunica col mondo esterno grazie a Patrizia, la nipote del fedele Malammore, una persona insospettabile, perfetta per essere i suoi occhi e le sue orecchie. In Patrizia, Don Pietro rivede qualcosa dell'amata Imma. Il loro rapporto alla fine si trasforma in amore. Savastano, però, ha un unico obiettivo: riprendersi tutto ciò che è suo.L'Alleanza comincia a stare stretta a Ciro, che trova il modo di togliere di mezzo Conte. La sua hybris e la sua smania di potere causeranno tante morti. La peggiore di tutte, però, sarà quella della figlia, la piccola Mariarita, uccisa da Malammore su ordine di Don Peitro. Una figlia per una moglie. Don Pietro riprende pieno possesso dei suoi territori. Scianèl, l'unica sopravvissuta dell'Alleanza, viene fermata dalla polizia e finisce in carcere per un reato minore. Ciro e Gennaro - che si sono visti per la prima volta in territorio neutro (a Trieste, con Don Aniello come garate) dopo il loro scontro a fuoco nel finale della prima stagione - si rivedono dopo il funerale di Mariarita. In quell'occasione, Genny, che ormai è più mefistofelico del padre, dà a Ciro una pistola e gli dice dove potrà trovare Don Pietro. Al cimitero, di fronte alla tomba di Donna Imma, Ciro spara e uccide Don Pietro. Per un Savastano che muore, ce n'è uno che nasce: mentre Pietro passa a miglior vita, un altro Pietro, il figlio di Gennaro e Azzurra, viene al mondo. E da figlio, Gennaro diventa padre. E boss. L'unico, finalmente. 

Ecco il programma della seconda stagione:

Episodio 7 e 8 - Martedì 30 Luglio alle 21:15

Episodio 9 e 10 - Martedì 6 Agosto alle 21:15

Episodio 11 e 12 - Martedì 13 Agosto alle 21:15